GeneXplain 数据库 106彩票年夏季更新 (版本 106彩票.2)

106彩票-05-16 13:55:15 来源:106彩票-106彩票首页


TRANSFAC® 106彩票年夏季更新(版本106彩票.2)


TRANSFAC® 数据库包含了转录因子、其基因组结合位点和DNA结合基序(PWMs)等内容,本次更新内容如下:


甲基化结合基序矩阵

添加了由 Methyl-HT-SELEX 和HT-SELEX实验获得的1785个人类转录因子矩阵。这一内容发表在 "Yin, Y. et al, Impact of cytosine methylation on DNA binding specificities of human transcription factors, Science 2017 356(6337):eaaj2239, Pubmed PMID: 28473536"中。

在MATCH中,在选择典型甲基化基序分析的时候,添加了这一特定的基序选项。

 

添加了黑腹果蝇启动子 

根据Ensembl 95版的数据和我们建立的虚拟转录起始点算法,本次更新添加了黑腹果蝇19152个启动子。实验严重的转录因子结合位点和来自于dbSNP数据库的360万个位点已经映射到这些启动子序列上。

 

基于保守序列转录因子结合位点注释

从TRANSFAC®中找出人类、小鼠、大鼠和猪基因组中已知的转录因子结合位点,并注释其中高度保守的位点。如果4个物种的序列比对,没有找到一个不匹配位点,则对各自基因组位置的结合位点进行高度保守的注释,获得了1007个新的保守结合位点。


整合ENCODE,modENCODE 和 modERN 数据库中新的人类和果蝇的ChIP-Seq实验

整合了在2018年7月至2018年12月期间, ENCODE phase 3 and 4 project 发布的21个新的人类转录因子结合位点ChIP-Seq实验。数据集由15个不同转录因子结合的424961个片段组成。

对于黑腹果蝇,增加了modENCODE 和 modERN发布的470个转录因子结合位点ChIP-Seq实验。数据集包括由411个不同转录因子结合的2050835个片段,所有这些片段还没有被

 TRANSFAC ChIP-Seq数据收录。

MATCH工具能够利用各自转录因子的现有位置权重矩阵对在183个集合预测共953185个片段上的最佳结合位点。


Ensembl版本更新

人类、小鼠、大鼠、猪、猕猴、果蝇和拟南芥的基因、启动子和芯片片段的基因组信息基于Ensembl Release 95版。


统计信息:


PROTEOME™ (HumanPSD™+TRANSPATH®) 106彩票年夏季更新(版本106彩票.2) 


HumanPSDTM(人类蛋白质组调查数据库)收录了做为疾病生物标志物和药物靶点的人类蛋白质信息,本次更新内容如下:


更多临床试验数据

增加了来自clinicaltrials.gov和专家人工整理的204740个新 Clinical Trial-Drug 数据,使

 CT-Disease-Drug 关联信息达到401836个。

 

使用Human Protein Atlas进行GO cellular compartment注释

使用Gene Ontology Cellular Compartment 条目能够获得来自Human Protein Atlas

的12073个亚细胞定位信息。


TRANSPATHC®数据库包含哺乳动物信号转导和代谢通路的信息,本次更新内容如下:

 

反应次数增加

增加了18087例人或小鼠蛋白质之间的新结合反应,例如包括人类GPCRs和其他膜蛋白或细胞质内蛋白的结合反应。

并且为已经收录的5071例现有的反应添加新的原始文献实验证据。


改进通路的搜索结果

路径搜索结果现在包含不同节点(蛋白质及其翻译后修饰形式、基因、miRNA和复合物)的个数,有助于评估结果中网络的大小。


统计信息:


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